Tutorial Aplikasi Kimia Avogadro

software1

AVOGADRO

Avogadro adalah salah satu aplikasi kimia berupa editor pemodelan molekul. Aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Aplikasi ini digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang. Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  1. Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data/bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis).
  2. Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  3. Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  4. Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  5. Embedded interpreter Python.
  6. Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  7. Cross-Platform. Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  8. Intuitif. Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebih lanjut.
  9. Cepat. Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  10. Extensible. Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  11. Fleksibel. Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Menginstal Avogadro sangat mudah. Apabila Anda belum memiliki aplikasi Avogadro, Anda dapat mengunduhnya disini. Setelah diunduh, hasil unduhan Avogadro dibuka lalu klik run kemudian akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

  1. Double klik pada icon Avogadro.

12 

  1. Klik kolom next yang terdapat dibawah dan kotak dialog selanjutnya akan muncul seperti dibawah ini.

            Picture1

  1. Klik “I agree” sebagai tanda bahwa anda setuju dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

           Picture2

  1. Pilih add Avogadro to the system PATH for all users dan Create Avogadro Desktop Icon kemudian klik Next dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

           Picture3  Picture4

  1. Kotak dialog diatas untuk mengetahui tempat dimana software avogadro ini akan di munculkan. Software avogadro diatas diletakkan di program file yang berada pada hardisk C dan jika ingin mengganti tempat klik browse dan pilih akan diletakkan dimana software Avogadro. Setelah sesuai dengan keinginan maka langsung klik next dan akan muncul kotak dialog dibawah ini.

          Picture5

  1. Klik Install kemudian tunggu beberap menit sampai proses penginstalan selesai lalu klik finish maka program Avogadro telah siap untuk digunakan.

Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? Dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini. Pada tutorial kali ini kita akan belajar membuat pemodelan struktur 2-Methyl 2-Butena dengan menggunakan Avogadro. Langkah yang harus dilakukan adalah sebagai berikut:

  1. Buka aplikasi Avogadro yang telah diinstall. Tampilan awal Avogadro adalah sebagai berikut.

screenshot

  1. Sebelum memulai, terlebih dahulu pada Draw Setting kita klik untuk menghilangkan centang pada Adjust Hydrogen. Hal tersebut dilakukan agar lebih memudahkan kita pada saat menggambar struktur utama 2-Methyl 2-Butena.

a2

  1. Kemudian kita mulai dengan menggambar atom karbon dan ikatannya dengan klik pada Draw Tool a1.

a3

  1. Kemudian setelah struktur utama sudah terbentuk, kita tambahkan ikatan rangkap pada atom karbon no.2 dengan cara pilih Bond Order Double pada Draw Settings.

 a4

  1. Setelah itu, klik pada rantai karbon no.2 untuk menjadikan ikatan tersebut menjadi rangkap dua.

            a5

  1. Kemudian tambahkan atom hydrogen dengan cara klik menu Build lalu pilih dan klik Add Hydrogens.

a6

  1. Maka akan terbentuk struktur molekul karbon lengkap dengan hidrogennya seperti pada gambar berikut.

a65

  1. Selanjutnya gunakan Auto Optimization Tool a7 untuk mengoptimisasi bentuk molekulnya lalu klik Start.

a8 

  1. Maka tampilan struktur molekul akan menjadi seperti berikut.

a9

  1. Anda juga dapat mengukur panjang dan sudut ikatan dengan menggunakan Measure a10 atau F12. Maka akan memperoleh hasil ukuran seperti berikut.

a11

 

Demikian tutorial mengenai aplikasi kimia Avogadro. Semoga bermanfaat!

 

Comments

comments