Tutorial Aplikasi Kimia Hyperchem

software1

HYPERCHEM

Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi yang relatif mudah untuk digunakan karena sifatnya yang langsung bisa menunjukkan tampilan dari apa yang akan kita buat. Hyperchem merupakan tools dasar dalam molecular modeling. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll.

Program HyperChem merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.

HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:

  1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
  2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
  3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB).
  4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
  5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
  6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular. Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.
  7. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCFab initio dan semiempiris.
  8. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
  9. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.

Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:

  1. Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
  2. Display Molekul (Molecular Display)
  3. Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
  4. Metode Komputasi (Computational Methods)

Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? Dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini. Pada tutorial kali ini kita akan belajar membuat pemodelan struktur 2-Methyl 2-Butena dengan menggunakan Hyperchem. Langkah yang harus dilakukan adalah sebagai berikut:

1. Buka aplikasi Hyperchem yang telah diinstall dengan double click pada icon Hyperchem Screenshot_6 maka akan keluar tampilan awal Hyperchem yaitu sebagai berikut.

Screenshot_1

2. Untuk memulai menggambar atom karbon dan ikatannya, kita klik icon Draw hc1.

3. Selanjutnya klik menu Build lalu klik Element Default. Kemudian pilih unsur yang akan digambar dan dalam tutorial ini adalah unsur C (karbon).

Screenshot_2   Screenshot_3

4. Setelah struktur 2-Methyl 2-Butena digambar, selanjutnya kita akan menggambar ikatannya dengan cara meng-klik dan drag sesuai dengan struktur yang kita buat yaitu sebagai berikut.

hc3

5. Setelah struktur utama terbentuk, kita akan menambahkan atom hidrogennya dengan cara klik menu Build lalu klik Add Hydrogens.

Screenshot_4

6. Kita juga dapat menampilkan struktur molekul yang sudah kita buat dalam bentu 3D sehingga hasilnya akan jadi lebih bagus. Caranya adalah dengan klik menu Display lalu klik Rendering. Silakan untuk pilih Balls and Cylinders pada Atom Rendering, atau anda juga dapat memilih pilihan lain sesuai kehendak anda.

Screenshot_5

7. Struktur molekul yang sudah kita buat masih belum mendekati sempurna. Untuk menyempurnakan bentuknya, silakan klik icon Invoke Model Builder hc6.

8. Demikian tampilan dari struktur 2-Methyl 2-Butena yang kita peroleh yaitu sebagai berikut.

hc7

9. Selanjutnya kita akan melakukan optimisasi geometri dengan cara klik menu Setup lalu klik Ab Initio kemudian klik menu Compute lalu klik Geometry Optimization. Tunggu hingga proses selesai maka akan didapatkan tampilan sebagai berikut.

hc8

 

Demikian tutorial mengenai aplikasi Hyperchem. Semoga bermanfaat!

 

Comments

comments